2285年，在與可汗的戰(zhàn)斗中損壞的聯(lián)邦星艦進(jìn)取號，返回了地球的太空港以進(jìn)行維修。柯克還在為斯波克的死感到悲傷。麥科伊醫(yī)生出現(xiàn)了種種異常的行為：如擅自闖入被封鎖的斯波克原來的艙房、胡言亂語等，最后他被送進(jìn)了醫(yī)院進(jìn)行精神檢查。斯科提被另分派到了聯(lián)邦星艦精進(jìn)號。星際艦隊指揮部 對新形成的創(chuàng)世星下達(dá)了禁入令。柯克被告知，進(jìn)取號即將除役。
斯波克的父親沙瑞克找到柯克并告訴他，斯波克的遺體必須返回瓦肯星，否則他的靈魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必須回到創(chuàng)世星，尋回斯波克的遺棺并將它帶回瓦肯星——而斯波克臨死前與麥科伊進(jìn)行了心靈融合，因此帶有斯波克靈魂的麥科伊也必須前往瓦肯星。
可是，星際艦隊拒絕讓陳舊的進(jìn)取號離開太空港。從醫(yī)院出來后聽聞消息的麥科伊，企圖招募一艘飛船回到創(chuàng)世星。在與人爭吵時他被逮捕，但這并沒有影響到整個計劃：在柯克、斯科特、蘇魯、烏乎拉和切科夫的幫...
